Pulau ini pertama kali ditemui oleh pelaut Portugis sekitar tahun 1512. Setelah Perang Napoleon tahun 1814, pulau ini jadi milik Inggeris. Semasa dunia ke II tahun 1942, Inggeris memanfaatkan Diego Garcia untuk menjadi markas angkatan udara untuk misi-misi pengintaian dan memburu kapal selam dan kapal perang Jepun di Lautan Hindi
Tahun 1966 Inggeris sepakat memberi kebenaran kepada Amerika Syarikat untuk mendirikan pangkalan militan di Pulau Diego Garcia. Tempat ini adalah strategik untuk operasi militan AS di sekitar Lautan Hindi semasa era perang dingin.
Amerika menempatkan beberapa kapal perang, pengebom dan tempat pembekalan logistik di pulau ini. Markas ini dipercaya jadi tempat 'inteligent' Amerika Syarikat dengan segala kelengkapan canggihnya.
Beberapa operasi militan yang digelar dari Diego Garcia adalah perang Teluk tahun 1991, Perang Afghanistan tahun 2001 dan Perang Iraq tahun 2003.
Daerah ini juga dikatakan bebas dari imbasan satelit mahupun radar negara mana pun. Ini yang membuat mana-mana Pesawat yang melintas seolah-olah hilang tanpa jejak.
Beberapa bukti menguatkan andaian ada pesawat disembunyikan di Pangkalan AS Diego Garcia.